A l’Empordà, un total de set espècies han desaparegut com a nidificants en les darreres dècades: el xarrasclet Anas querquedula, l’ànec cullerot Anas clypeata, la xixella Columba oenas, el còlit negre Oenanthe leucura, la mallerenga de bigotis Panurus biarmicus, la trenca Lanius minor i el repicatalaons Emberiza schoeniclus.

Aquesta secció aplega les espècies que podrien passar a ampliar la llista de nidificants extingits si la seva tendència poblacional no s'inverteix. Es tracta de nidificants de presència escassa o molt escassa, afectats any rere any per les mateixes causes de regressió. Algunes d'aquestes causes són comuns a diverses espècies: la sequera, els problemes derivats de la gestió de l’aigua, la reducció d'hàbitats adequats, la pastura intensiva, els canvis en els usos agrícoles i la depredació, un factor aquest darrer que s'ha agreujat molt especialment amb l'expansió d'espècies al·lòctones.

Les espècies llistades en aquest apartat no són, tanmateix, les úniques amenaçades. N'hi ha que mantenen poblacions molt reduïdes però encara estables, com és el cas de l’ànec griset Anas strepera, el cabussó emplomallat Podiceps cristatus, el corb marí emplomalat Phalacrocorax aristotelis, el martinet ros Ardeola ralloides, l’agró roig Ardea purpurea, l’aligot vesper Pernis apivorus, l’arpella vulgar Circus aeroginosus, l’àliga daurada Aquila chrysaetos, l’àliga calçada Aquila pennata, l’àliga cuabarrada Aquila fasciata i el falcó mostatxut Falco subbuteo.

Altres espècies conserven poblacions regulars o fins i tot amb tendència a l'alça, com són el milà negre Milvus migrans, el siboc Caprimulgus ruficollis, el gaig blau Coracias garrulus, el picot negre Dryocopus martius, el reietó Regulus regulus, l’escorxador Lanius collurio, el durbec Coccothraustes coccothraustes i la verderola Emberiza citrinella. En altres casos l'estatus de l'espècie no és prou conegut, com ara el del rasclet Porzana pusilla.

Per tal d'afavorir la recuperació d'aquestes poblacions cal un seguiment constant que pari especial atenció als factors d'amenaça. Alhora, cal considerar en tot moment que les mesures que es puguin prendre en benefici d'una espècie no en perjudiquin d’altres.